Ну-с, попробуем так, наверное..
Пусть твой тюнер в режиме Sound выдаст ноту E (ми). Она, по моим соображениям, должна соответствовать 1-й струне гитары. По слуху, как-нибудь, приблизительно, подстрой 1-ю струну, чтоб она звучала похоже (хотя бы в той же октаве была). Потом отключи режим Sound и подстрой струну уже по зеленому индикатору. Дальше строим остальные струны - придется по слуху. 2-я струна, прижатая на 5-м ладу, должна звучать так же, как 1-я открытая. 3-я, прижатая на 4-м, - как 2-я открытая. 4-я на 5-м - как 3-я открытая. 5-я на 5-м - как 4-я открытая. 6-я на 5-м - как 5-я открытая.
Потом проверь еще раз 1-ю струну по тюнеру (она скорее всего "уйдет") и повтори процедуру.
Если струны новые, то придется делать это не один раз.
Точная настройка таким способом все равно не получится. Так что слух придется включать. Дальше проверь: 6-я струна должна звучать ровно на 2 октавы ниже, чем 1-я. То есть звук должен быть как бы похожим (хотя 6-я струна и значительно ниже), а если дернуть одновременно 1-ю и 6-ю струны, то звук должен как бы сливаться, не должно быть диссонансов и биений. Возможно, тюнер твой "поймает" какую-нибудь гармонику открытой 6-ю струны - попробуй. Должна быть нота E (ми). Если поймает, то можно и другие струны по нему подстроить (только не сильно тяни струны, чтоб не уйти на октаву выше нужного звука). А если не поймает, то придется еще проверки по слуху устраивать. 4-я струна, прижатая на 2-м ладу, должна звучать ровно на октаву выше, чем 1-я. Если дернуть 3 струны (1-ю и 6-ю открытые, и 4-ю, прижатую на 2-м ладу, то опять же должна звучать одна нота Ми, без диссонансов и биений.
1-я струна, прижатая на 3-м ладу, звучит ровно на октаву выше открытой 3-й (Соль, G). 2-я открытая - на октаву выше, чем 6-я, прижатая на 2-м ладу (Си, B). 6-я открытая - на октаву ниже, чем 3-я, прижатая на 2-м ладу (Ля, A). 2-я, прижатая на 3-м ладу, звучит на октаву выше 4-й открытой (Ре, D).
Кстати, если все струны настраивать только по тюнеру, даже самому лучшему, то точная настройка все равно не получится - все равно придется подстраивать все по слуху. Так что без слуха никуда...